Aunque la iglesia de Zenarruza sigue siendo hoy día una pequeña parroquia que abarca unos pocos caseríos del entorno, como último vestigio de la antigua colegiata, desde 1988 se ha convertido en un monasterio cisterciense, de la rama conocida como trapense.
La fundación fue realizada por el monasterio de La Oliva, en Navarra, que ese año envió a sus dos primeros monjes fundadores: Francisco Elguezabal -aita Patxi para todos- como Prior de la fundación, y José Luis Marichalar. Desde entonces una pequeña comunidad de hermanos de esta Orden ha trasplantado la vida benedictina a los montes de Vizcaya. La comunidad de Zenarruza celebra su nacimiento oficial el día 15 de marzo, fiesta de San Raimundo de Fitero.
Durante el priorato del P. Patxi se concluyeron las obras del monasterio tal como se ve hoy. Entre sus muchas realizaciones cabe destacar la construcción de la Hospedería, la amplia explanada que se extiende delante del monasterio y el aparcamiento para vehículos privados y autocares, obras todas de gran envergadura que han favorecido mucho la vistosidad y sobre todo la accesibilidad del lugar. También en su tiempo se instaló el órgano nuevo para la liturgia diaria de la comunidad, cuya forma es una réplica moderna del antiguo.
En 18 de septiembre del año 2008 el monasterio fue elevado al rango de Priorato autónomo por el Capítulo General de la Orden, lo que permitía ya la elección de un Prior titular. A las pocas semanas, el 15 de octubre, cuando se cumplían veinte años de la llegada de los mencionados fundadores, los monjes que en ese momento formaban la comunidad hicieron su cambio de estabilidad a Zenarruza, ante el entonces abad de La Oliva, P. Pablo Gordillo y el P. Eduardo Rincón, que había sucedido al P. Patxi como Prior en funciones.
Pocos meses después, el 8 de enero de 2009, la comunidad celebró su primera elección de Prior titular, que recayó en el P. Isaac Totorika Izagirre, el cual había sido una de las primeras vocaciones de Zenarruza.
Sin embargo, el 15 de diciembre de ese mismo año, el P. Isaac fue elegido abad de La Oliva, por lo que el 8 de enero de 2010, fue nombrado superior ad nutum de Zenarruza, el P. Eduardo Rincón, que ejerció este servicio hasta el 30 de junio de 2014.
Terminado su servicio, en esta última fecha fue nombrado sucesor suyo, también como superior ad nutum, el P. Antonio Maria Martín Fernández-Gallardo, procedente del monasterio de San Isidro de Dueñas (Palencia).