El edificio presenta una nave, la típica planta de salón del País Vasco. Sólo dos capillas laterales en el lado izquierdo rompen su estructura.
La bóveda responde a un gótico tardío y está bellamente atravesada por todo un conjunto de nervios que dan seguridad a los inconvenientes que ofrece su anchura, y confluyen todas en claves decoradas; imágenes de Cristo, la vírgen, apóstoles y estrellas. Todo un conjunto que conforma una especie de cielo al que se dirigen todos los enterramientos que llenan el suelo del templo.
La capilla lateral de la nave, construida como capilla funeraria de los Múgica, es actualmente la del Santísimo, con un tabernáculo del siglo XVI, con un hermoso Ecce homo en relieve. Su arco de entrada muestra todo un labrado en la piedra cuya imaginería deja suponer una historia de salvación.
La otra capilla ya en el espacio del presbiterio, la construyó el abad Diego de Irusta, uno de los grandes abades y más significativos de la época de Colegiata, para reposar sus restos y los de su familia. Es de estilo plateresco y en ella destaca un conjunto escultórico que muestra al abad arrodillado con un Santiago a sus espaldas que muestra su mitra. Es talla flamenca del taller de los Beaugrant.
Un pequeño altar adosado muestra un pequeño retablo renacentista, del mismo taller, una hermosa obra que recoge una Piedad cargada de fuerza y realismo.
Cierra la capilla una hermosa verja plateresca, también la única de estas características en Bizkaia.
