Hasta el siglo XIX
A finales del siglo XIV, el crecimiento de las peregrinaciones a Santiago y de la importancia del lugar, llevó a las familias más representativas de la zona decidieron poner en común parte de sus bienes para que se estableciese en el lugar un grupo de clérigos que diesen culto a Dios y a su santísima Madre y rezasen por sus vivos y difuntos. Es así como Zenarruza vio elevada su categoría de Parroquia a Colegiata. Se llama colegiata a una iglesia que, sin ser sede del obispo, es decir, sin ser catedral, está regida por un colegio de canónigos regulares presididos por un abad, que celebran en ella oficios litúrgicos semejantes a los de las catedrales.
Su erección como colegiata tuvo lugar en 1379, por don Gonzalo de Mena, obispo de Calahorra y La Calzada, diócesis a la que entonces pertenecía Vizcaya. De los veinticinco abades que se sucedieron a lo largo de los siglos, el más representativo fue Diego de Irusta (1485-1563), principal impulsor de las obras de Zenarruza que con él alcanzó su momento de mayor esplendor. Éste constituyó el segundo momento importante que se prolongó hasta el siglo XIX.
Esta época, con sus luces y sombras, dio peso y nombre a este enclave. Su importancia se puso de manifiesto en el ámbito espiritual, con una fuerza de atracción importante en su culto y, de modo especial, en los enterramientos; también en el terreno social y de la cultura, de la que se preocuparon de modo especial los canónigos, dotándose de una importante biblioteca y fomentado los estudios de muchachos con cualidades de la zona. De igual manera su sensibilidad se dejó notar en el arte, manifestado en la construcción de la bella iglesia y claustro que hoy podemos disfrutar, y que mereció en 1948 ser reconocido como monumento nacional de Euskadi.
También en ciertas épocas, según los propios avatares de la historia ajena al lugar, tuvo su importancia el Hospital que acogía a peregrinos y caminantes.
Siglos XIX y XX
Desde el siglo XIX Zenarruza fue poco a poco dejando de ser ese lugar estratégico en la provincia y perdiendo vitalidad.
En 1851, un nuevo Concordato con la Santa Sede en el que se actualizan las listas de Colegiatas, Zenarruza ya no es integrada, con lo cual, la que había sido primera y única Colegiata de Vizcaya, paso a su primer rango de parroquia de un pequeño núcleo de caseríos.
Desde entonces Zenarruza vivió una etapa sencilla, oscura, y sobre todo de deterioro en su conjunto monumental. La desaparición de la comunidad que vivía en ella y sucesivos incendios, fueron abocando el conjunto a una situación límite, como se aprecia en la fotografía de la izquierda, de principios del siglo XX, antes del incendio de 1954, con el arco suroeste de entrada cubierto de hierbas.
La peculiaridad de su historia en Vizcaya y el valor de su conjunto artístico, hizo que la Diputación asumiese un plan de revitalización en conjunción con la diócesis de Bilbao. Así, a partir de 1980 comenzaron las obras de restauración de los edificios que quedaban en pie, especialmente de su bella iglesia del siglo XV.
Finalmente, después de una serie de gestiones, en 1988 se asentaba en Zenarruza la primera comunidad de monjes cistercienses, venidos de la abadía de Santa María de la Oliva, en Navarra, que iniciaron una nueva etapa en el lugar convirtiéndolo en monasterio cisterciense.
Desde entonces, la comunidad ha ido tomando cuerpo. Su culto abierto y su hospedería están dando un nuevo aire, haciendo posible que Zenarruza vuelva a recuperar la base de esa dimensión de espiritualidad que fue la que originó su nacimiento.